Influenza-Impfstoffe

Fachbereich Informatik
Zentrum für Bioinformatik
Prof. Dr. Oliver Kohlbacher
Lena Feldhahn, Mathias Walzer
Sommersemester 2012
Computational Immunomics
(BIOINF 3360)
Projekte
Abgabetermin: Dienstag, 17. Juli 2012
Richtlinien:
• Für dieses Übungsblatt sind Gruppen mit maximal vier Personen zugelassen.
• Die Abgabe des Übungsblattes muss elektronisch an ci@informatik.uni-tuebingen.de erfolgen.
• Wikipedia ist keine wissenschaftliche Quelle.
Influenza-Impfstoffe
Projektüberblick
Kann der saisonale Influenza-Impfstoff Fluarix für die Saison 2009/2010 vor einer Infektion mit der Schweine”
grippe“ schützen? Mit dieser Frage sollen Sie sich in diesem Projekt auseinandersetzen, indem Sie Fluarix mit dem
Stamm A/Bayern/62/2009(H1N1) des neuen Grippevirus vergleichen. Dabei soll sowohl die Sequenzähnlichkeit
betrachtet werden, als auch die in den Sequenzen enthaltenen T-Zell- und B-Zell-Epitope. Die T-Zell-Epitope sollen
in Bezug auf die in Europa am häufigsten vorkommenden MHC-Allele betrachtet werden. Für die Bearbeitung des
Projekts benötigen Sie unter anderem:
• die im Impfstoff enthaltenen Sequenzen1,2 ,
• die Sequenz des Virus A/Bayern/62/2009(H1N1) 3
• die Verteilung der MHC-Allele in Europa4 und
• geeignete Methoden für die Vorhersage von T-Zell- und B-Zell-Epitopen.
Anforderungen
• Eine mündliche Präsentation
• Aktive Teilnahme an den Diskussionen
• Ein schriftlicher Projektbericht
• Bei Projekten mit Programmierung: Ein funktionierendes Programm (gut dokumentierter Code und Makefile,
falls notwendig) sowie eine detaillierte Installationsanleitung
• Ein Überblick über verwendete Software, Tools und Daten
• Abgabe der verwendeten Daten.
1 http://www.fda.gov/BiologicsBloodVaccines/GuidanceComplianceRegulatoryInformation/
Post-MarketActivities/LotReleases/ucm162050.htm
2 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/Database/select.cgi?go=database
3 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/SwineFlu2009.html
4 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gv/mhc/
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Präsentation
Die Präsentation des Projektes erfolgt am 24. Juli 2012. Im Anschluss an die Präsentation (15 Minuten) folgt eine
Diskussion (5 Minuten).
Bericht
Der Bericht soll 6-8 Seiten lang sein und beinhaltet
• eine Einleitung (Biologische Motivation und Grundlagen),
• eine Beschreibung der verwendeten Materialien und Methoden,
• die Ergebnisse der Untersuchung und
• eine Diskussion der Ergebnisse.
Verwenden Sie für den Bericht die LATEX-Vorlage von der Homepage der Vorlesung.
Zeitplan
• 5. Juni 2012 - Projektausgabe
• 26. Juni 2012 - Abgabe einer kurzen Beschreibung (maximal eine Seite) der grundlegenden Herangehensweise
an das Projekt, inkl. Software, die verwendet werden soll, und gegebenenfalls der gewählten Programmiersprache. (Abgabe elektronisch an ci@informatik.uni-tuebingen.de.)
• 26.-29. Juni 2012- Kurze Besprechung der Herangehensweise. Bitte vereinbaren Sie dafür einen Termin mit
Lena & Mathias.
• 17. Juli 2012- Abgabe der finalen Version des Projektes (Präsentation, Bericht, Daten und gegebenenfalls
Programm mit Dokumentation)
• 24. Juli 2012- Projektpräsentationen
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