EXAMENSARBETE I METABOLOMIK, HT 2015

EXAMENSARBETE I METABOLOMIK, HT 2015
Metabolomik brukar beskrivas som den globala, eller totala, analysen av alla små molekyler, metaboliter, i ett
biologiskt prov. Den bakomliggande metodiken har visat sig vara utmärkt för att identifiera potentiella
diagnostiska biomarkörer för olika sjukdomar eller som ett kraftfullt verktyg inom läkemedelsutveckling. Detta
har lett till att metabolomik, sett som en plattform, har gjort stora framsteg de senaste åren, mycket tack vare
att de metaboliter man studerar har hög biologisk relevans. Typiska metabolitmönster har observerats inom en
rad olika sjukdomar som t.ex. högt blodtryck, kärlsjukdomar och diabetes.
Den snabba utvecklingen inom detta fält ställer höga krav på de analytiska metoder som möjliggör
mätningarna. Enbart en bråkdel av den aktuella litteraturen behandlar just analytisk metodutveckling, något
som vår avdelning samt våra samarbetspartners har som specialitet. Generellt krävs väletablerade och
validerade protokoll för provbehandling, separation och detektion av metaboliter samt statistisk behandling
(multivariat dataanalys) av stora mängder data. I slutänden krävs att metoderna är lämpade för uppgiften, och
kan generera ett svar som är relevant till den ursprungliga frågeställningen.
Denna nysatsning från avdelningens sida innehåller ett flertal interdiciplinära forskningsprojekt med en tydlig
tyngdpunkt på metodutveckling inom farmaceutisk grundforskning. Parallellt med detta kommer metodiken att
sättas på prov med tillämpade studier inom nutrition, toxikologi samt cancerfarmakologi.
Till våren kommer det att finnas möjlighet till två olika projekt med inriktning mot metabolomik. Om du vill vara
en del av detta spännande område kommer du att jobba tillsammans med andra studenter, doktorander,
forskare och professorer i vår forskargrupp. Förutom ditt specifika projekt kommer du få en djup inblick i hur
man arbetar och forskar med metabolomikstudier, liksom en gedigen påbyggnad inom analytiska tekniker och
metoder.
DELPROJEKT 1:
Flera pågående projekt studerar celler från bl.a. cancercellinjer, och hur de reagerar på olika typer av stimuli,
t.ex. behandling med en läkemedelssubstans. En kritisk faktor i denna typ av studier är tidsaspekten, dvs hur
ser cellernas respons på stimulit ut över tid. Detta delprojekt syftar till att studera just denna faktor. Cellprover
kommer att analyseras med LC-MS (Q-Tof), och den genererade datan studeras med multivariat dataanalys
(kemometri).
DELPROJEKT 2:
Detta delprojekt fokuserar på förbättrad provupparbetning för metabolomikstudier. I många studier vet man
inte vad man letar efter i förväg. Man kan därför inte rikta in provupparbetningen på någon eller några enskilda
molekyler, utan vill kunna analysera en så stor del av metabolomet som möjligt. Prov med skördade celler, som
utgör matrisen i flera pågående projekt, innehåller en mängd komponenter som skulle störa en efterföljande
analys md t.ex. LC-MS, varför de måste renas bort. Syftet med detta projekt är därför att studera hur olika
provupparbetningstekniker påverkar provet med avseende på rening av oönskade komponenter och
kvarvarande önskvärda metaboliter. För efterföljande analys kommer LC-MS (trippelkvadrupol) att användas.
KONTAKTINFORMATION:
Curt Pettersson, Curt.Pettersson@farmkemi.uu.se
Jakob Haglöf, Jakob.Haglof@farmkemi.uu.se
Mikael Engskog, Mikael.Engskog@farmkemi.uu.se