Uppgifter till seminarium fylogenier kopia

Uppgifter till seminarium fylogenier kopia

Uppgifter till seminarium Fylogenier och evolutionära grupper, 2015.10.12.
Nedanstående frågor kommer från tidigare tentamina för kursen.
Besvara frågorna självständigt och lämna in svaren, tydligt märkta med namn och personnummer
vid seminariets start.
––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––
1.
En fylogeni – ett släktskapsträd – kan göras på olika nivå. Det kan visa
släktskapsförhållanden mellan de olika rikena som utgör livet på jorden.
Det kan också visa släktförhållanden mellan olika arter av organismer
som är nära släkt med varandra.
a.
På vilket sätt kan fylogenier användas inom farmakognostisk forskning?
b.
Vilka typ av dataset kan fylogenier baseras på? Nämn två.
2.
Rita ett översiktligt fylogenetiskt träd som på ett evolutionärt korrekt sätt visar
hur djur, bakterier, svampar, archaea och gröna växter är släkt med varandra.
3.
Förklara uttrycket ’monofyletisk grupp’, beskriv vad det är, var begreppet kommer
från, och vem som var först med att förklara vikten av det!
4.
Rita ett fylogenetiskt träd som på ett korrekt sätt beskriver släktskapsförhållanden
mellan Rattus norvegicus (råtta), Agaricus bisporus (champinjon), Hyoscyamus niger,
Rhodiola rosea, Yersinia pestis (pestbakterie) och Metanocoocus jannaschii (en arkée).
5.
Ett sätt att undersöka evolutionsteorier om organismers uppkomst och släktskap är
att fylogenetiskt analysera karaktärer (ex. bitar av den genetiska koden, DNA).
Resultaten kan illustreras som fylogenetiska träd, så kallade fylogenier.
Fylogenier kan göras på olika nivåer. Man kan visa på olika rikens släktskap med
varandra (i en fylogeni som visar hela ”livets träd”), men man kan också gå in på
”detaljnivå” och visa t.ex. hur släkten inom en viss familj förhåller sig till varandra,
eller hur arter inom ett visst släkte förhåller sig till varandra.
a.
Vilka släkten i trädet på nästa sida är monofyletiska och vilka är parafyletiska?
b.
Förekomsten av en grupp ämnen med en specifik biologisk aktivitet med potential
för läkemedelsutveckling, är kända från några svamparter i flera närbesläktade
svampsläkten. Genom en fylogenetisk analys av genetisk data från en mängd arter,
har du konstruerat det fylogenetiska träd som kan ses på nästa sida.
I arter markerade med • har man gjort tester och letat efter ämnesgruppen.
I arter markerade med * har ämnesgruppen hittats.
Du har möjlighet att analysera ytterligare fyra arter. Vilka skulle du välja?
För ett korrekt svar krävs en tydlig motivering till varför du valt just dessa fyra arter.
Motiveringen ska bygga på ett faktamässigt korrekt resonemang.
...figur på nästa sida!