Umeå universitets preliminära underlag inför VR-RFIs

Umeå universitets preliminära underlag inför VR-RFIs behovsinventering
150617
BIOBANKER, KVALITETSREGISTER och DATABASER
Tänk på: för att vara en nationell infrastruktur så måste databaserna eller registren vara
tillgängliga för andra forskare utan särskilda restriktioner (annat än det som styrs av lagar
och förordningar). T ex så ska man inte behöva samarbeta forskningsmässigt med databaseller registerägare för att få tillgång till data.
Under hösten kommer en inventering av övriga ej nedan nämnda databaser, biobanker och
register att genomföras vid Umeå universitet. Detta för att underlätta framtida planering och
eventuell samordning.
BBMRI - (Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure)
Målsättningen är att samordna befintliga biobanker/forskningsmaterial från olika delar av
Sverige via bildandet av nya infrastrukturer samt att arbeta med kvalitetsutvecklande åtgärder
i syfte att underlätta för register- och biobanksforskning. Ett projekt inom BBMRI är
NORTHPOP, där genealogisk information vid Demografiska databasen länkas samman med
biobanksinformation. Inom ramen för BBMRI-samarbetet finns även en nationell
Humanbiologisk Miljöprovbank, Nationell databas för neurodegenerativa sjukdomar,
Nationellt dietkohortkonsortium, Actionable diseases samt en nationell Immunitets- och
Mikrobiologibiobank. Ansökan inskickad 2015 till RFI med KI som huvudsökande.
Kontaktperson: Kjell Grankvist, kjell.grankvist@umu.se
Nationell immunitets- och mikrobbiobank
Nationell samordning av övervakning och biobanker för att förbättra den nationella
beredskapen mot epidemier, biologiska hot immunitet och spridning av antibiotikaresistens
(nationellt förankrad – UmU/FOI värd).
Kontaktperson: Kjell Grankvist, kjell.grankvist@umu.se
Nationell human miljöbiobank
En plattform där miljöhälsoforskare kan komma i kontakt med relevanta biobanker.
Här kommer bl a att finnas metodkunskaper om exponeringsbiomarkörers prestationer, t.ex.
stabilitet och variation inom och mellan individer. (nationellt förankrad – UmU värd).
Kontaktperson: Kjell Grankvist, kjell.grankvist@umu.se
Nationell databas för neurodegenerativa sjukdomar
En biobankinfrastruktur där databasen utgör en unik resurs för forskning och utveckling av
förståelse för preklinisk patofysiologi och potentiella prekliniska biomarkörer. (nationellt
förankrad – värduniversitet oklart i dagsläget).
Kontaktperson: Kjell Grankvist, kjell.grankvist@umu.se
Nationellt dietkohortkonsortium
SDCC kommer bl a att erbjuda möjlighet att fånga mönster i exponering och sjukdom och
erbjuda data med tillräcklig statistisk styrka för att möjliggöra gen x kost interaktionsstudier.
(nationellt förankrad – UmU värd).
Kontaktperson: Kjell Grankvist, kjell.grankvist@umu.se
Actionable diseases
Det övergripande syftet med registret är att bidra till ett bättre användning av befintliga
provsamlingar, och att stimulera möjligheterna till nya forskningssamarbeten. Registret
kommer företrädesvis kunna användas för regional och nationell samordning av skapandet av
en nationell databas för lättillgänglig lungcancer biomaterial och för ytterligare andra
angripbara cancer- och sjukdomar för att komma. (nationell förankring pågår).
Kontaktperson: Kjell Grankvist, kjell.grankvist@umu.se
U-CAN
U-CAN är en infrastruktur med uppgift att longitudinellt bygga upp en samling av blodprov,
vävnadsprover, enkäter och kliniska data från patienter med olika cancerformer. Unikt i
insamlingen är att varje ingående patient följs under hela sjukdomsförloppet, före och efter
primär behandling men också under senare behandling och efter eventuella recidiv. Materialet
medger därmed även analys av vad som biologiskt händer med tumörer under pågående
behandling. Infrastrukturen är brett tillgänglig för vetenskapssamhället. Projektet är ett av de
program som fått stöd i samband med regeringens satsning på strategiska forskningsområden.
U-CAN har Uppsala universitet som värduniversitet, men ca 40% av verksamheten och
insamlingen sker i Umeå i samarbete med Västerbottens Läns Landsting.
Kontaktperson Umeå: Richard Palmqvist, richard.palmqvist@umu.se
UMEÅ SIMSAM LAB
Umeå SIMSAM Lab har potential att bli en nationell infrastruktur för tvärvetenskaplig
forskning om barndomen och dess betydelse för livslång hälsa och välfärd. Databaserna
innehåller information på individnivå för de 14.9 millioner person som bott i Sverige från
1960 till 2010, samt intergenerationella länkar. Data har samordnats från Statistiska
centralbyrån (socio-demografi, utbildning, mm), Socialstyrelsen (födelsevikt, sjukhusvård,
läkemedel, mm), Nationellt register för celiaki, med komplettering för Västerbottens
befolkning via systematisk datainsamling sedan flera årtionden (BMI, självskattad hälsa,
levnadsvanor, sociala nätverk, mm). Sammantaget möjliggör detta livsloppsanalyser,
flergenerationsansatser och multinivå analyser (individ – familj – grannskap – kommun – län,
etc.). Forskningsmedel är säkrade fram till 2017 via VR och FORTE.
Kontaktperson: Anneli Ivarsson, anneli.ivarsson@umu.se Prostate Cancer data Base Sweden (PCBaSe) och samordning av infrastruktur för
kliniskt orienterad forskning kring kroniska sjukdomar
PCBaSe är en nationell resurs för klinisk cancerforskning som består 140 000
prostatacancerfall och 600 000 kontroller med detaljerade uppgifter om tumörkarakteristika,
utfall, annan sjukdom och socioekonomiska faktorer. Nu skapas en infrastruktur för kliniskt
orienterad forskning kring kroniska sjukdomar där prostatacancer, reumatoid artrit och
hjärtsjukdomar ingår i det första steget.
Ansvarig forskare för PCBaSe är Pär Stattin
Kontaktperson Umeå: Pär Stattin, par.stattin@umu.se
Demografiska databasen (DDB)
En infrastruktur med ett nationellt uppdrag att bearbeta och tillgängliggöra demografiska och
historiska data för forsknings-, utbildnings- och arkivändamål. I uppgifterna ingår även att
verka för vetenskapligt samarbete och metodutveckling. Uppdraget är förordningsstyrt och
regleras av SFS 2008:230 Förordning om demografiska databasen vid Umeå universitet.
Kontaktperson: Elisabeth Engberg, elisabeth.engberg@umu.se
The Strategic Environmental Archaeology Database (SEAD)
En open access nationell infrastruktur för miljöarkeologisk och kvartärgeologisk data
utvecklat i samarbete mellan miljöarkeologiska laboratoriet, HUMlab och flera nationella och
internationella partners. Förutom inom arkeologi kan databasen också användas i forskning
om paleoklimatologi, ekologi, geovetenskap, byggnadsvård, historia m.m. och i samverkan
med bl.a. kulturarvsförvaltning. Nationell infrastruktur enligt VR-modellen. Ansökan skickat
till RJ.
Kontaktperson: Philip Buckland, phil.buckland@umu.se
Federerade databaser
Federationstekniken går ut på att kunna koppla samman autonoma och geografiskt utspridda
databaser med myndighetsregister på ett säkert sätt och med ett starkt integritetsskydd för
forskningspersonerna. Genom att strategiskt koordinera register och databaser skapas en
kraftfull resurs för, såväl biomedicinsk spetsforskning, som samhällsvetenskaplig och
humanistisk. Universitetets satsning inom området inbegriper teori- och metodutveckling,
med forskning kring integritetsfrågor och säkerhetslösningar som de viktigaste frågorna. Det
finns ett stort nationellt och internationellt intresse.
Kontaktperson: Anders Brändström, anders.brandstrom@ddb.umu.se
Erik Elmroth, erik.elmroth@informatik.umu.se, Pär Stattin, par.stattin@urologi.umu.se
Internationella databaser
ESS-European Social Survey
Ett komparativt projekt mellan merparten av Europas länder som startade 2002. Projektet
mäter beteende och attityder vartannat år i syfte att möjliggöra studier av viktiga
frågor mellan länder och över tid. All data är offentligt tillgängliga. ESS är sedan 2014 en
ERIC. Kontaktperson: Mikael Hjerm, mikael.hjerm@soc.umu.se
SHARE (Survey of Health, Ageing and Retirement in Europe)
En tvärvetenskaplig longitudinell undersökning om äldre människors levnadsförhållanden i 20
länder i Europa. Undersökningen startades 2004 och är planerad att pågå fram till 2024. Mer
än 100 000 personer över 50 år har blivit tillfrågade om sina livsvillkor, om familj, vänner,
hälsa och sin ekonomiska situation. Kontaktperson: Gunnar Malmberg,
gunnar.malmberg@geography.umu.se
BIOIMAGING
Umeå Core Facility for Electron Microscopy (UCEM)
En topputrustad visualiseringsanläggning med kompetens att hantera alla steg från prov
preparation, mikroskopi/avbildning till bildanalys. UCEM inkluderar utbildning och service
för både SEM (Svepelektronmikroskop och TEM (Transmissions elektronmikroskop).
Högupplösande fältemissions (FE)-SEM för ultrastrukturella analyser och karakterisering
av biologiska (medicin, biologi, biokemi och växtvetenskap) och materialvetenskapliga
prover (fysik och kemi) är idag en nödvändighet för att klara den internationellt konkurrensen
inom avbildning. FE-SEM utrustning och drift är finansierad av VR infrastruktur anslag (PI:
Bernt Eric Uhlin). UCEM är kommer under 2016 etablera en ny enhet för Kryoelektronmikroskopi och tomografi (Utrustning finansierad från KAW och Kempe
stiftelserna, PI: Bernt Eric Uhlin och Linda Sandblad), vilket innebär installation av 2 nya
kryo-TEM (120 kV TEM, 300 kV kryo-FE-TEM och ett SEM (kryo-FE-FIB-SEM). KryoEM delen av faciliteten är en SciLife lab facilitet tillsammans med den framtida kryo-EM
faciliteten på SU/ScilifeLab. UmU har erhållit en SciLifeLab Fellow för cryo-EM under
2015. UCEM är specialiserade på flerstegsanalyser; vi använder och vidareutvecklar
tvärvetenskaplig korrelat avbildningstekniker, CLEM (Correlative Light and Electron
Microscopy) tillsammans med BICU. Vi kombinerar avancerade kryo-prov preparation,
fluorescerande mikroskopi med ektronmikroskopi för att bli en frontlinje resurs för framtida
CLEM-tekniker.
UCEM ingår i ansökan för en nationell mikroskopi-nod inom Advanced Correlativ Imaging
Techniques at UmU inskickad och utvärderad av RFI. Ansökan inskickad till RFI via SBI
med LiU som huvudsökande.
Kontaktperson: Linda Sandblad, linda.sandblad@umu.se
Biochemical Imaging Centre Umeå (BICU)
Användarstöd och nya avancerade mikroskopisystem för snabb och känslig detektion av
processer i levande celler samt superupplöst ljusmikroskopi och korrelativ ljus och atomic
force microscopi (AFM). Systemen är optimerade för hög upplösning och visualisering av
extremt snabba förlopp och inkluderar utrustning för detektion av interaktioner mellan olika
molekyler och deras bindningsstyrkor. Tillsammans med UCEM använder och utvecklar vi
korrelativa ljus och elektronmikroskopitekniker (CLEM).
Ingår i ansökan för en nationell mikroskopi-nod inom Advanced Correlativ Imaging
Techniques vid UmU, inskickad och utvärderad av RFI. Ingår i SBI-ansökan inskickad till
RFI med LiU som huvudsökande.
Kontaktperson: Richard Lundmark, richard.lundmark@medchem.umu.se
MRI och nanoPET/CT
Införskaffandet av MRI och nanoPET/CT för smådjur med bidrag från VR-RFI till djurhuset,
UCCB, har öppnat upp för möjligheten att införa och analysera experimentdjur utan risk för
sjukdomsspridning mellan olika djurbestånd - både för inkommande och befintliga
försöksdjur. Ingår i SBI-ansökan inskickad till RFI med LiU som huvudsökande.
Kontaktperson: Leif Carlsson, leif.carlsson@umu.se
BERÄKNINGAR OCH MODELLERING
NBIS-CLiC – Nationell Bioinformatikstruktur Sverige - Computational Life Science
Cluster
CLiC koordinerar idag service, support och utbildning för primär dataanalys, statistisk
modellering och visualisering av storskaliga genomik, proteomik och metabolomikdata.
Är idag en nod i den nationella infrastrukturen NBIS.
Ansökan är inskickad via NBIS med UU som huvudsökande.
Kontaktperson: Johan Trygg, johan.trygg@chem.umu.se
SNIC-HPC2N – Swedish National Infrastructure for Computing - High Performance
Computing Centre North
Ett nationellt centrum för teknisk-vetenskapliga och parallella beräkningar formerat som ett
kompetensnätverk mellan ingående parter och VR:s metacenter SNIC. HPC2N bidrar med
kompetens och e-infrastruktur för högpresterande och skalbara parallella beräkningar, griddoch molnteknologi, samt effektiva masslagringslösningar som är nationellt tillgängliga.
Kontaktperson: Bo Kågström, bokg@cs.umu.se
SCREENING OCH STRUKTUR
CBCS-LCBU - Chemical Biology Consortium Sweden - Laboratories for Chemical
Biology Umeå
Små organiska molekyler, småmolekyler, är en typ av verktyg med unika möjligheter att
påverka biologiska system. CBCS hjälper forskare att identifiera dessa små organiska
molekyler som kan fungera som forskningsverktyg. LCBU erbjuder stöd för utveckling av
biologiska testsystem och anpassning till automatisering, screening och validering av träffar,
uppföljande kemi i form a design och inköp och/eller syntes av substanser. Vidare ansvarar
LCBU för teoretiska och praktiska kurser inom kemisk biologi och screening.
På motsvarande sätt planeras nu en liknande infrastruktur på europeisk nivå: EUOPENSCREEN som idag består av nationella närverk i 16 länder. Genom att samordna på
europeisk nivå kommer vi att avsevärt förbättra våra möjligheter att ta fram forskningsverktyg
som kan leda till nya produkter t.ex. läkemedel.
Ingår i CBCS-ansökan inskickad till RFI med KI som huvudsökande. Ansökan till EUOPENSCREEN har skickats in med UmU som värduniversitet
Kontaktperson: Mikael Elofsson, mikael.elofsson@chem.umu.se
Swedish Metabolomics Centre
En nationell infrastruktur, med stöd från KAW samt facilitet inom SciLifeLab. Ett nationellt
kunskaps- och servicecenter för masspektrometri-baserad metabolomik som
rör kvantitativa mätningar av lågmolekylära organiska föreningar, såsom metabola
intermediat, i biologiska system. Centrat satsar mycket på utbildning, med både teoretiska och
praktiska ”hands-on” kurser med inriktning mot metabolikanalyser eller analyserande av
metabolomikdata.
Kontaktperson: Jonas Gullberg, jonas.gullberg@slu.se
NMR facility.
En nationell infrastruktur, med stöd från KAW och nod till GU (samt facilitet inom
SciLifeLab). NMR är en central facilitet inom KBC (Kemiskt Biologiskt Centrum
www.kbc.umu.se). Kärnresonans (NMR) spektroskopi är en kraftfull metod med atomär
upplösning som avslöjar sammansättning, struktur och dynamik hos små molekyler,
supramolekylära strukturer, intakta komplexa biologiska system, och nya material. Därför är
NMR en central teknik för all molekylär forskning såsom livsvetenskap, medicin, kemi,
materialforskning och biogeokemi.
Kontaktperson: Gerhard Gröbner, gerhard.grobner@umu.se
Vibrational Spectroscopy Facility (Visp)
Visp har unik utrustning och nyckelkompetens och världsledande expertis inom
vibrationsspektroskopi, som omfattar alla aspekter från att utveckla instrumentering, till
spjutspets mät- och dataanalysmetoder inom ett brett spektrum av vetenskapliga discipliner
(från biomedicinsk forskning till nanomaterial, från geologi till växtvetenskap).
Kontaktperson: Andras Gorzsas, andras.gorzsas@umu.se
ARKEOLOGI
MAL (ArchLab)
Försörjer forskarsamhället med integrerad miljöarkeologisk analys- och metodutveckling.
Enheten integrerar forskning, utbildning, uppdrag och samverkan och har samarbete med bl.a.
universitet, muséer och länsstyrelser både nationellt och internationellt. ArchLab är ett
planerat nationellt samarbete mellan flera kompletterande arkeologiska
forskningslaboratorier. Nationell infrastruktur med planerat konsortium.
Kontaktperson: Philip Buckland, phil.buckland@umu.se
Övrig
Säkerhetslabb – Biosafety level 3.
BSL-3 laboratoriet kommer att fungera som en integrerad anläggning för grundforskning, klinisk
diagnostik och screening av småmolekylbibliotek i samverkan med LCBU (Laboratories for Chemical
Biology Umeå) för att identifiera kandidater till nya läkemedel
Kontaktperson: Anders Sjöstedt, anders.sjostedt@umu.se
UCCB – Umeå Center for Comparative Biology
Försöksdjursbaserad experimentell service som inkluderar en rationalisering av
kunskapsintensiva tekniker som framställande av genetiskt modifierade djur (möss),
genotypning för komplicerad avel samt möjliggöra fördjupad fenotypning kopplat till de
starka forskningsområdena vid UmU (biologisk kemi, cancerforskning, infektioner,
nervsystemet samt ämnesomsättningssjukdomar). Ett annat omedelbart mål för UCCB är att
förstärka sin roll som nationell resurs och siktet är att ta till vara potentialen att vara en
europeisk resurs om möjlighet ges.
Kontaktperson, Leif Carlsson, leif.carlsson@umu.se
UMF - Umeå marina forskningscentrum
UMF har speciell provanalyskompetens genom löpande uppdrag för svensk miljöövervakning
där ackrediterad personal ansvarar för provtagning, hydrografiska, kemiska och biologiska
analyser. Infrastruktern omfattar bl a mesokosmlaboratorium marint utsjögående
forskningsfartyg med provtagningsutrustning och labb med tekniskt stöd,
undersökningsfartyg för kustnära studier, ett antal mindre båtar för landnära studier, tillgång
till svävare, helikopter och isbrytare, samt databas med långa ekologiska tidsserier
Kontaktperson: Johan Wikner, johan.wikner@umf.umu.se