Kurzanleitung Pubmed

Kurzanleitung Public MEDLINE (PubMed) – Inhalt, Zugriff, Recherche
Stand: Oktober 2009
Inhalt
Datenbankproduzent: seit 1879 wertet die U. S. National Library of Medicine (NLM) [ =
weltweit größte medizinische Bibliothek, als Teil der U. S. National Institutes of Health
(NIH), Bethesda, Maryland] biomedizinische Zeitschriften aus und erstellt daraus einen
Index, den Index Medicus.
Diese Bibliographie für (bio-)medizinische Zeitschriftenartikel ist heute als
bibliographische Datenbank MEDLINE bekannt. MEDLINE enthält Aufsätze und in den
meisten Fällen auch deren Abstracts aus etwa 5.200 biomedizinischen Zeitschriften
weltweit.
Seit 1996 ist MEDLINE online frei zugänglich via PubMed (= Public MEDLINE). PubMed
ist ein webbasiertes Informationssystem, das vom National Center for Biotechnology
Information (NCBI) entwickelt wurde. PubMed ist dabei nur ein Teil des enormen
Informationssystems Entrez von NCBI, das darüber hinaus molekularbiologische
Datenbanken zu Gensequenzen, Proteinen, Nukleotiden, 3-D-Proteinstrukuren und
Ähnliches frei zugänglich anbietet.
PubMed enthält neben z. Zt. etwa 19 Mio. Aufsatznachweisen und deren Abstracts
aus MEDLINE als größtem Datenlieferant auch noch weitere Artikel aus Zeitschriften
der Biowissenschaften, die in MEDLINE nicht ausgewertet werden. Erfasst werden
Metadaten zu jedem Artikel (= bibliographische Angaben) wie z.B. Autorennamen,
Aufsatztitel, Abstract (falls vorhanden), Schlagworte zur inhaltlichen Erschließung aus
den Medical Subject Headings (MeSH), Zeitschriftentitel, Autorenadresse bzw. –
institution, Sprache und Publikationsart.
Primär ist PubMed keine Volltextdatenbank, liefert aber an vielen Stellen die Links zu
den Volltexten, da z.B. PubMed Central, das Volltextarchiv der U. S. National Institutes
of Health (NIH) in PuMed enthalten ist.
Im Oktober 2009 hat PubMed ein Redesign der Suchoberfläche durchgeführt, um die
Suche zu vereinfachen, auf diesem neuen Interface basiert diese Kurzanleitung.
Berichtszeitraum
ab 1950 bis heute
Zugriff
Frei zugänglich über www.pubmed.gov
Empfohlen wird allerdings der Zugang über die Homepage der Unibibliothek Mainz:
www.ub.uni-mainz.de unter der Rubrik „Thematische Suche“, mit dem
Datenbankinformationssystem (DBIS) (siehe Abb. 1):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=hebis Nur über diesen Zugang ist der
Linkservice zu möglichen Volltextzugängen des Bibliotheksverbundes HeBIS nutzbar.
Das heißt nicht, das der Volltext in jedem Fall zugänglich ist,
sondern nur, das der Weg dorthin wesentlich erleichtert wird.
erstellt von A. Brösing, Fachbereichsbibliothek Biologie, Uni Mainz
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Abb. 1: Zugang PubMed über DBIS der UB Mainz
Suchwerkzeuge
1. Search
1.1
Thematische Suche
Eingabe von aussagekräftigen Suchbegriffen in das vorgegebene Suchfeld z.B. swine
flu OR swine influenza OR h1n1 (Datenbanksprache ist Englisch, Suchoperatoren
sollten in Großbuchstaben eingegeben werden). Anklicken des Search-Buttons oder
Enter zum Absenden der Suchanfrage.
• Trunkierung/Maskierung (=Arbeiten mit Platzhaltern)
Mit dem Sternchen * als Platzhalter können alle möglichen Wortendungen in die
Suche mit einbezogen werden z.B. enzym* findet enzyme, enzymatic …
Aber Achtung: bei Verwendung von Platzhaltern wird das Automatic Term
Mapping(= ATM, Erklärung siehe Abschnitt 2.1 Advanced Search, S.3) mit den
Medical Subject Headings (MeSH) ausgeschaltet!
• Boolsche Operatoren
AND, OR, NOT können in PubMed zur Kombination von mehreren Suchwörtern
angewendet werden, je nachdem ob die Suche eingegrenzt oder erweitert werden
soll. AND ist voreingestellt und wird bei Eingabe mehrerer Suchbegriffe automatisch
angewandt, ohne das es extra eingegeben werden muss.
• AND: alle damit kombinierten Suchbegriffe müssen im Aufsatz-Titel und/oder
Abstract vorkommen
• OR: mindestens einer der damit kombinierten Suchbegriffe muss in den
Angaben zum Artikel vorkommen
• NOT: dieser Suchbegriff darf in den Angaben zum Artikel NICHT vorkommen
OR-Mengen müssen durch Klammerung kenntlich gemacht werden.
1.2
Suche nach Autoren
Eingabe von Nachname und Initialen des oder der Vornamen in das Suchfeld z.B.
peachman kk oder watson jd (Eingabe ohne Satzzeichen, Groß- oder
Kleinschreibung wird nicht berücksichtigt). Mehrere Autorennamen können
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gleichzeitig im Suchfeld in dieser Weise gesucht werden, ohne das die Eingabe von
AND benötigt wird. Seit 2002 werden Namen auch mit vollständigen Vornamen in
PubMed aufgenommen (unter der Voraussetzung, das auch die auszuwertende
Zeitschrift die Vornamen nicht abkürzt), deshalb ist die Suche auch mit vollständigen
Namen möglich. Man muss sich aber darüber im Klaren sein, das damit nur die Artikel
gefunden werden, die ab 2002 indexiert wurden. Umlaute sollten als Umlaut oder
aufgelöst gesucht werden z.B. stöcker w OR stoecker w.
Falls nur der Nachname bekannt ist, sollte der Name mit dem zugehörigen
Suchfeldoperator [au] gesucht werden z.B. kadereit [au]
Komfortabler ist die Suche nach Autorennamen über die Advanced Search (siehe
Abschnitt 2.2).
1.3
Suche nach Thema und Autor
Suchbegriffe und Autorennamen können in das Suchfeld eingegeben und
zusammen gesucht werden, ohne das der Suchoperator AND benötigt wird z.B.
coral reef bleaching crabbe mj
2. Advanced Search
2.1
Automatic Term Mapping (ATM)
Mit Hilfe der Advanced Search und der Funktion Details kann man nachvollziehen,
wie PubMed die Suchanfrage nach Absenden im Hintergrund tatsächlich abbildet.
Dabei werden automatisch mögliche Schlagwörter, die sog. Medical Subject
Headings (MeSH) mit den eingegeben Suchwörtern verglichen [= automatic term
mapping] und die Suche so, unbemerkt vom Nutzer, um die Schlagwörter aus MeSH
erweitert, um das bestmögliche Suchergebnis zu erreichen (siehe Abb. 2).
Abb. 2: Details zur Suchanfrage = Automatic term mapping
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2.2
Suche nach Autorennamen mit der Advanced Search
Für die Autorensuche steht in der
Advanced Search ein eigenes
Suchfeld mit durchsuchbarem Index zur
Verfügung (siehe Abb. 3). Hier kann
man auch die Search History einsehen
und die Suche durch Limits weiter
einschränken z.B. nach human or
animals, nach Geschlecht female or
male, nach Sprachen languages etc.
Abb. 3: Vielfältige Möglichkeiten der Advanced Search
2.3
Search History
Bis maximal 100 Suchanfragen werden hier während einer Datenbank-Sitzung
automatisch abgelegt, davon werden die letzten fünf mit Uhrzeit, wann die Suche
erfolgt ist und der dazugehörigen Trefferanzahl angezeigt (siehe Abb. 4). Jede
Suchanfrage erhält eine fortlaufende Nummer mit der man auch weitere Suchen
ausführen kann z.B. um die Suche weiter einzugrenzen. Jede Suchnummer eröffnet
beim Anklicken neue Optionen zum Weitersuchen und Kombinieren mit Boolschen
Operatoren oder zum Abspeichern der Suche auf MyNCBI (siehe Abb. ) Die
Suchgeschichte wird nach 8 Stunden ohne Aktion gelöscht.
Abb. 4: Search History
Personalisieren
Um Ergebnisse längerfristig als nur für eine aktuelle Datenbank-Sitzung zu bewahren,
ist es von Vorteil, sich einen persönlichen Account bei MyNCBI anzulegen. Man
registriert sich dort kostenlos mit Username und Passwort. In den persönlichen
MyNCBI-Collections können maximal 5.000 Treffer gespeichert werden. Des weiteren
können mit MyNCBI mit der Funktion Save Search ganze Suchanfragen zur weiteren
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Verwendung abgelegt werden.. Bei Aktivierung des Email-Alerts erhält man
regelmäßig Updates mit neu zum Thema publizierten Artikeln per Email.
Trefferliste und Weiterverarbeitung der Recherche-Ergebnisse
Die zuletzt in die Datenbank aufgenommenen Artikel erscheinen zuoberst in der
Trefferliste (last in – first out) (Abb. 5). Fremdsprachige Artikel erhalten einen
englischen Aufsatztitel, werden aber geklammert [ ], um kenntlich zu machen, das
die Aufsatzsprache eine andere ist.
Abb. 5: Pubmed results
Mit Display settings kann die
Trefferliste auch nach anderen
Kriterien sortiert werden (Sort by).
Auch die Anzahl der Treffer pro Seite,
und deren Anzeige mit und ohne
Abstract kann variiert werden.
Mit Send to gibt es verschiedene
Möglichkeiten die Ergebnisse
weiterzuverarbeiten. Clipboard bezeichnet dabei den Zwischenspeicher der
aktuellen Sitzung, in dem maximal 500 Treffer aus verschiedenen Suchanfragen
abgelegt werden können. Dafür ausgewählte Treffer
werden in der Liste grün markiert. Für den
Datenexport in Literaturverwaltungs-programme
verwendet man die Send to File-Option und wählt
das MEDLINE-Format für den Download der
bibliographischen Daten.
Vollanzeige = Abstract format
In der Vollanzeige jeden Artikels kann man neben dem Abstract (falls vorhanden)
auch z.B. die verwendeten MeSH einsehen oder die Funktion Related Articles (Abb.
6) nutzen. Hier werden Aufsätze gelistet, die unter Umständen mit der eigentlichen
Suchabfrage nicht gefunden worden wären, sich aber durch Übereinstimmungen im
Titel, Abstract und den MeSHs mit dem Ausgangsartikel auszeichnen und dadurch
eine „Verwandtschaft“ angenommen wird. Außerdem werden hier die Linkservices
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zum Volltext angeboten. Es empfiehlt sich zuerst den Verlagsbutton auszuprobieren
und falls dieser nicht zum Erfolg führt, den Linkresolver des Bibliotheksverbundes
HeBIS.
Abb. 6: Vollanzeige mit Related articles und Linkservices zum Volltext
Weitere Suchtipps
Phrasensuche
PubMed sucht nach Phrasen, wenn:
• die Phrase mit dem entsprechenden Suchfeldoperator [tw] versehen wird, z.B.
hemocyanin structure [tw],
• die Phrase in Anführungszeichen gesetzt wird „hemocyanin structure“,
• falls ein Bindestrich vorhanden ist z.B. first-line, oder
• wenn der Suchbegriff trunkiert ist, d.h. wenn ein Platzhalter bei der Suche mit
verwendet wird, z.B. sleep disorder*
Aber Achtung: bei der Phrasensuche mit Anführungszeichen ist das Automatic term
mapping (ATM) nach MeSH ausgeschaltet!
Unscharfe Suche bei Falscheingabe
Bei falsch eingegebenen Suchbegriffen werden alternative Vorschläge gemacht:
Did you mean ….? Diese Funktion tritt außer Kraft, wenn Suchfeldoperatoren
verwendet werden.
MeSH Database
Das hierarchische Schlagwortverzeichnis der Medical Subject Headings (MeSH)
[=Thesaurus], das für die erweiterte Inhaltserschließung der Zeitschriftenartikel durch
die NLM benutzt wird, ist auch separat von PubMed in einer eigenen Datenbank
durchsuchbar und für die eigene Suche nutzbar: passende Schlagworte können
direkt nach PubMed transportiert und abgefragt werden.
Die MeSH Database beinhaltet die Definition eines jeden Schlagwortes, deren
Synonyme, verwandte Begriffe und die Position des Begriffs in der MeSH-Hierarchie
(Abb. 7).
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Abb. 7: MeSH Database
Einen ganz bestimmten Artikel finden
Gezielte Suche über Advanced Search oder mit dem Single Citation Matcher (Abb.
8). Mit diesem ist es auch möglich nach Aufsatztiteln mit dem Suchfeld Title words zu
suchen.
Abb. 8: Single Citation Matcher
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