Postdoctoral Scientist in Plant Computational Genomics

The Ruhr University Bochum is the 6th largest University in Germany and one of the country’s leading research universities.
Host to more than 33,600 students and 5,600 staff, the University is a major institution in the vibrant metropolitan Ruhr area,
which was elected European Capital of Culture in 2010. The University draws its strengths from both the diversity and the
proximity of scientific and engineering disciplines on a single, coherent campus, as well as from the close proximity of
numerous University and prime research institutions in adjacent cities of the Ruhr and Rhine areas. This highly dynamic
setting enables students and researchers to interact closely within their disciplines and to work across traditional
boundaries of academic subjects and faculties.
Postdoctoral Scientist in
Plant Computational Genomics
€ 39,800 to 57,500 (TV-L 13) depending on qualifications and experience
The Department of Plant Physiology (Professor Ute Krämer) at the Ruhr University Bochum in Bochum,
Germany, has a vacancy for a postdoctoral scientist in Computational Genomics. Ruhr University
Bochum is one of the prime research universities, and the Department of Plant Physiology is among the
best supported, in Germany. In order to gain insights into adaptation and evolution, our group combines
state-of-the-art molecular functional, genomic, genetic and population genomic approaches. As a
compelling model organism, we focus on the extremophile sister species of Arabidopsis thaliana named
Arabidopsis halleri (http://www.ruhr-uni-bochum.de/pflaphy/Seiten_en/index_e.html).
The post holder will investigate the genetic basis of adaptive traits and of their inter- and intra-specific
variation, and examine evolutionary genome dynamics, in plants. He/she is expected to make a
substantial contribution to the assembly and/or annotation of the A. halleri genome. Another major
responsibility will be the use and development of comparative genomics approaches for the analysis of
nucleotide sequence data (genomic DNA, RNA, small RNA, epigenetic modifications) of large numbers of
A. halleri individuals in conjunction with phenotypic data. Data from 2nd generation sequencing and other
platforms will be analysed both quantitatively (transcript quantification, gene copy number
determination) and qualitatively (multi-parallel genotyping at high marker density), using multivariate
statistics, quantitative genetics and population genetics approaches. The post holder will coordinate and
conduct their research in an independent but highly collaborative manner, with very close interactions
within the Department of Plant Physiology and with close collaborators through the Priority Research
Programme 1529 (www.adaptomics.de).
Thorough knowledge and practical experience in programming in R/bioconductor, MatLab and/or Perl
are required. Experience in the analysis of 2nd generation sequence data and database handling is highly
desirable, and experience in server administration and webpage programming will be advantageous.
The post involves a moderate amount of teaching and student supervision as well as organizational
tasks. The post holder is expected to obtain next-level qualifications, depending on the current career
stage (e.g. acquisition of grant funding). Particularly highly talented, qualified and dedicated candidates
for a PhD will also be considered.
Within the Faculty of Biology and Biotechnology at Ruhr University Bochum, the Professor of Bioinformatics (Axel Mosig), as
well as the Department of General and Molecular Botany (Dr. habil. Minou Nowrousian), the Department of Evolutionary
Ecology and Biodiversity of Animals (Dr. Florian Leese) and the Laboratory of Geobotany (Prof. Dominik Begerow) share
related research and methodological interests.
At the Ruhr University Bochum, we seek to promote in particular the careers of women. Therefore, we are encouraging
applications from female candidates. Applications from suitable candidates with severe disabilities are also most welcome.
Please send your application, including documents of your qualifications, by 28 February 2012, to:
Professor Ute Kraemer +49 (0)234 32 28004; FAX: +49 (0)234 32 14187; E-Mail: ute.kraemer@rub.de
Department of Plant Physiology ND3/30, Ruhr University Bochum, Universitaetsstraße 150,
D-44801 Bochum, Germany
Die Ruhr-Universität Bochum (RUB) ist eine der führenden Forschungsuniversitäten in Deutschland. Als reformorientierte
Campusuniversität vereint sie in einzigartiger Weise die gesamte Spannbreite der großen Wissenschaftsbereiche an einem
Ort. Das dynamische Miteinander von Fächern und Fächerkulturen bietet den Forschenden wie den Studierenden
gleichermaßen besondere Chancen zu interdisziplinären Zusammenarbeit.
Am Lehrstuhl für Pflanzenphysiologie, Fakultät für Biologie und Biotechnologie der Ruhr-Universität
Bochum, ist baldmöglichst die Stelle eines/einer
Wiss. Mitarbeiters/-in (TV-L13)
Computer-basierte Pflanzengenomik
zu besetzen.
Die Stelle ist befristet auf 2 Jahre mit Möglichkeit zur Verlängerung.
Ziel der Arbeiten des Lehrstuhls ist es, auf genetischer und molekular funktioneller Ebene wesentliche
Fortschritte im Verständnis von evolutionärer Anpassung und der evolutionären Dynamik von Genomen
zu erreichen. Hierfür untersuchen wir als geeigneten Modellorganismus die extremophile Art
Arabidopsis halleri.
Informationen: http://www.ruhr-uni-bochum.de/pflaphy/Seiten_en/index_e.html
Wir suchen nach einem hoch motivierten und interessierten Mitarbeiter mit Eigeninitiative und
Begeisterung für die Wissenschaft. Zu den Aufgaben gehören wesentliche Beiträge innerhalb einer
Kooperation zur Assemblierung und insbesondere zur Annotation eines neuen Pflanzengenoms sowie
der Einsatz und die Fortentwicklung von Ansätzen der vergleichenden Genomik für die Analyse
genomischer Sequenzdaten (z.B. Genom, Transkriptom, kleine RNAs, epigenetische Modifikationen) von
Arabidopsis halleri und verwandten Arten (z.B. Arabidopsis thaliana, Arabidopsis lyrata) im Hinblick auf
die genetische Basis physiologischer Merkmale und deren inter- und intra-spezifische Variation, sowie
auf evolutionäre Genomdynamik. In den Untersuchungen von vorwiegend „2nd-generation sequencing“
(ggf. teilweise Mikroarray- bzw. andere) Daten werden sowohl quantitative Auswertungen (z.B.
Bestimmung von Transkriptmengen, Genkopienzahlen) als auch qualitative Auswertungen durchgeführt
(z.B. Genotypisierung multipler Individuen mit hoher Markerdichte). Zum Einsatz kommen Methoden der
multivariaten Statistik, genetische und populationsgenetische Methoden. Vorgesehen ist insbesondere
eine intensive Zusammenarbeit mit Mitarbeitern innerhalb des Lehrstuhls sowie mit kooperierenden
Gruppen im Rahmen des DFG Schwerpunktprogramms 1529 (www.adaptomics.de).
Intensive Kenntnisse und Erfahrungen mit R/Bioconductor, MatLab und/oder Perl Programmierung sind
erforderlich. Erfahrungen in der Analyse von „2nd-generation sequencing“-Daten und im Umgang mit
Datenbanken sind wichtig; Erfahrungen mit Serveradministration und dem Programmieren von
Internetseiten sind wünschenswert.
Die Stelle ist verbunden mit Aufgaben in der Ausbildung von Studenten und der Lehrstuhlorganisation in
üblichem Umfang. Erwartet wird eine Weiterqualifikation entsprechend dem gegenwärtigen Stand der
wissenschaftlichen Laufbahn, ggf. insbesondere mit der Einwerbung von Drittmitteln.
Innerhalb der Fakultät bestehen Anknüpfungspunkte zur Bioinformatik (Prof. Axel Mosig) sowie zur Allgemeinen und
Molekularen Botanik (Dr. habil. Minou Nowrousian), dem Lehrstuhl Evolutionsökologie und Biodiversität der Tiere (Dr.
Florian Leese) und der AG Geobotanik (Prof. Dominik Begerow).
Wir wollen an der Ruhr-Universität Bochum besonders die Karrieren von Frauen in den Bereichen, in denen sie
unterrepräsentiert sind, fördern und freuen uns daher sehr über Bewerberinnen. Auch die Bewerbungen geeigneter
schwerbehinderter und gleichgestellter Bewerber und Bewerberinnen sind herzlich willkommen. Das
Beschäftigungsverhältnis richtet sich nach dem Tarifvertrag der Länder (TV-L). Die Eingruppierung erfolgt bei Vorliegen der
persönlichen bzw. tariflichen Voraussetzungen ab der Entgeltgruppe 13 des TV-L.
Bitte richten Sie Ihre Bewerbung mit Nachweis der Qualifikationen entsprechend der beschriebenen
Aufgaben per Post oder E-Mail bis zum 28. Februar 2013 an:
Prof. Dr. Ute Krämer, Lehrstuhl für Pflanzenphysiologie ND3/30, Ruhr-Universität Bochum,
D-44780 Bochum, ute.kraemer@rub.de.