Présentation PowerPoint

DIVERSILABTM
DiversiLabTM
Schnelle und reproduzierbare
Stammtypisierung
Dr. Alexandra Brack
V1.0
2/24
Weshalb Stammtypisierung?
Eine Stammtypisierung dient nicht zur Identifizierung
eines Erregers sondern um abzuklären, ob zwei Isolate
identisch sind.
Anwendungsbereiche:
z.B. Klinik



Aufdeckung von Infektketten
Aufdeckung von Infektionswegen
Eingrenzung von Ausbruchsherden
z.B. Industrie

Überwachung von Produktionsprozessen
Dr. Alexandra Brack
V1.0
3/24
Phänotypisierung vs. Genotypisierung
BacT/ALERT® 3D
VITEK® 2
Kulturmedien
API®
DiversiLab®
Dr. Alexandra Brack
V1.0
4/24
DiversiLab “all inclusive”
Hardware:
Computer & Agilent 2100 Bioanalyzer
Chip Vortex & Chip Priming Station
Software:
Agilent 2100 Bioanalyzer Steuerungssoftware
DiversiLab Analysesoftware
Reagenzien:
MoBio Kits für die Extraktion
Fingerprinting Kits für die Amplifikation
LabChips für die Detektion
Service:
Zugriff auf bioMérieux Libraries
Datensicherung
Dr. Alexandra Brack
V1.0
5/24
Hardware: Agilent 2100 Bioanalyzer
Agilent 2100
Computer
Chip Priming Station
Dr. Alexandra Brack
V1.0
6/24
Reagenzien: DNA Extraktion
UltraClean™ Microbial DNA Kit
von bioMérieux empfohlen
standardisiert
50 oder 250 Ansätze pro Kit
Dr. Alexandra Brack
V1.0
7/24
Reagenzien: Fingerprinting Kits (rep-PCR)
Fingerprinting Kits enthalten:
rep-PCR Master Mix
Genus-spezifischen Primer Mix
Positiv-Kontroll-DNA
Taq-Polymerase
(separat zu beziehen)
Dr. Alexandra Brack
V1.0
8/24
DiversiLab LabChip Kit
Im Anschluss an die Amplifikation:
Detektion der Amplicons in DNA LabChips (Agilent 2100):
Auftrennung mittels Gel-Elektrophorese
Pro Chip bis zu 13 Proben in weniger als 1 Stunde
1 LabChip Kit enthält Chips und Reagenzien für 325 Tests
Dr. Alexandra Brack
V1.0
9/24
DiversiLab Arbeitsschritte
DNA Extraktion:
ausgehend von einer Reinkultur
rep-PCR Amplifikation:
Amplifikation mit genus-spezifischen Fingerprinting Kits
Detektion:
elektrophoretische Auftrennung der Amplicons im DNA
LabChip und Nachweis durch Fluoreszenzmessung
Datenanalyse:
web-basierte “real time” Analyse
Dr. Alexandra Brack
V1.0
10/24
Ausgangsprobe
Für ein korrektes Fingerprinting ist eine Reinkultur des bereits
identifizierten Genus zwingend erforderlich!
Dr. Alexandra Brack
V1.0
11/24
MoBio DNA Extraktion
Zugabe von Zellen zur MicroBead Lösung
 Lyse mittels Guanidin-Isothiocyanat
 gram-neg. Organismen: 2 x 1 µl Öse
 gram-pos. Organismen: 1 x 10 µl Öse
Eluat (extrahierte DNA) Lagerung bei –20°C
anschließend Bestimmung der DNA Konzentration mittels Gel oder Spektralphotometer
Dr. Alexandra Brack
V1.0
12/24
DiversiLab Software – PCR worksheets
Datenimport aus Excel
Assay Information
inkl. Chargennummer
autom. Berechnung
der Reagenzvolumina
Thermocycler
Programmierung
PCR Layout
Dr. Alexandra Brack
V1.0
13/24
Amplifikation mittels handelsüblichem
Thermocycler
Dr. Alexandra Brack
V1.0
14/24
Prinzip der rep-PCR Typisierung
1. rep-PCR Primer binden an vielen
spezifischen repetitiven Sequenzen
2. Multiple Fragmente variabler Länge werden
amplifiziert ( Amplicons)
rep-PCR Primer
genome
3. Auftrennung der Fragmente (nach Größe
und Ladung) mittels Elektrophorese
(-)
(+)
4. rep-PCR DNA Fingerprint Profil
mit multiplen Banden variierender
Intensität
Größe der amplifizierten Fragmente (Zeit)
Dr. Alexandra Brack
V1.0
15/24
Chip-Elektrophorese
Dr. Alexandra Brack
V1.0
16/24
DiversiLab Software - Analyse
Intuitive
Qualitätskontrolle
Assay Information
Roh- und normalisiertes Signal
Elektropherogramm und virtuelles Gel
Software QC
- geringes Amplifikationssignal
- kein Marker, etc.
Dr. Alexandra Brack
V1.0
17/24
DiversiLab Software - Analyse
Anwender
bMx Web Server
Daten
Analyse
Ergebnisbericht
Datenarchivierung
 Zentrale Stammbibliotheken des bMx-Servers
 Insellösung des Kunden, auch in Kombination mit
bereits vorhandenen Datenbanken
 Möglichkeit zur Bildung von Anwender-Netzwerken
Dr. Alexandra Brack
V1.0
18/24
DiversiLab Software
interaktive Berichte für konsistente & schnelle Interpretation
sofortige
Überlagerung
jedes Probenpaars
Dr. Alexandra Brack
V1.0
19/24
DiversiLab Software
Top Five Match Report zur ID
Isolat
Proben der
Bibliothek
Dr. Alexandra Brack
V1.0
20/24
Stärken von DiversiLab
Stammtypisierung von Bakterien, Pilzen und Hefen mit sehr guter
Diskriminierung
Standardisierung
Extraktion
Fingerprinting-Kits (inkl. Kontrollen)
rep-PCR
Elektrophorese
einfache Handhabung
schnellste Genotypisierung mit geringster Personalbindung
automatisierte Analyse mit multipler Datenansicht
Datenbankabgleich und Datenverwaltung
Reproduzierbarkeit
unabhängig von Anwender, Standort und Thermocycler
Dr. Alexandra Brack
V1.0
21/24
Verfügbare Kits
Dr. Alexandra Brack
V1.0
22/24
Dr. Alexandra Brack
V1.0
23/24
RECHTLICHER HINWEIS
bioMérieux, das blaue Logo und die Produktnamen sind verwendete, angemeldete
und/oder eingetragene Marken von bioMérieux SA oder einer ihrer Niederlassungen.
Alle anderen Marken und Produktnamen sind Eigentum ihrer jeweiligen Besitzer.
Die Dokumente und die dargestellten Abbildungen dienen ausschließlich der
Information unserer Kunden, Mitarbeiter und Partner.
bioMérieux schließt jegliche Gewährleistung aus, die sich auf Richtigkeit,
Vollständigkeit, Aktualität, Konformität, Rechtstitel und Eignung unserer Dokumente
für bestimmte Zwecke bezieht.
Diese Dokumente sind rechtlich nicht bindend. bioMérieux behält sich vor, ohne
Mitteilung Änderungen vorzunehmen.
Kein Teil dieser Dokumente darf ohne vorherige ausdrückliche schriftliche
Genehmigung von bioMérieux in irgendeiner Form oder auf irgendeine Weise
vervielfältigt, übertragen, umgeschrieben, in einer Datenbank gespeichert oder in eine
Fremdsprache oder Computersprache übersetzt werden.
Dr. Alexandra Brack
V1.0
24/24