LE SERVEUR DE CALCUL DANS LA PRATIQUE

LE SERVEUR DE CALCUL
DANS LA PRATIQUE
Dr. Anouk Gaudel-­‐Siri Le serveur de calcul dans la pratique
Connexion au serveur
1/04/15
Connexion au serveur de calcul slater
•  Déclaration de l’adresse IP publique de l’ordinateur auprès du CRCMM
•  Cotisation (500 €/compte/an puis 250 €/compte/an)
•  Création du compte (login au choix, mot de passe provisoire)
•  Changement du mot de passe par l’utilisateur :
commande linux « passwd »
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Le serveur de calcul dans la pratique
Connexion au serveur
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Connexion au serveur de calcul slater
•  Logiciels nécessaires à la connexion :
•  PC sous environnement Windows
1) Installation du logiciel Xming pour l’utilisation des interfaces graphiques de slater
http://www.straightrunning.com/XmingNotes/
2) Connexion ssh à partir de l’application PuTTY
http://www.putty.org/
nom du compte password : mot de passe du compte 3
Le serveur de calcul dans la pratique
Connexion au serveur
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Connexion au serveur de calcul slater
•  PC sous environnement linux :
Connexion ssh à partir de l’application Terminal
Exemple : ssh –X compte@slater.up.univ-mrs.fr
mot de passe demandé
•  Apple Macintosh :
1) Installation du logiciel XQuartz pour l’utilisation des interfaces graphiques de slater
https://xquartz.macosforge.org/landing/
2) Connexion ssh à partir de l’application Terminal
Exemple : ssh –Y compte@slater.up.univ-mrs.fr
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mot de passe demandé
Le serveur de calcul dans la pratique
Organisation du cluster
Organisation du cluster de calcul
soumission des calculs (script) Slater
rapatriement des fichiers de résultats /home fichiers des comptes uClisateurs (fichiers d’entrée et de résultats) 26 lames (8 à 20 processeurs) 5
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Le serveur de calcul dans la pratique
Organisation du travail
Organisation du travail sur le compte
•  Un répertoire par utilisateur ou par sujet de recherche
•  Des sous-répertoires pour chaque série de molécules
•  Noms de fichiers explicites (éviter les caractères « spéciaux »)
•  Commentaires décrivant le calcul demandé dans le fichier d’entrée
Exemple : optimisation de géométrie, recherche d’état de transition, …
•  Etablir un « cahier de laboratoire » à l’aide d’un tableur :
1) Date
2) Noms de fichiers
3) Commentaires sur les résultats (échec, problèmes rencontrés, …)
4) Valeurs numériques obtenues
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Le serveur de calcul dans la pratique
Lancer un calcul
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Soumettre un calcul au serveur
•  Scripts disponibles à tous les utilisateurs
Exemples : subampac, subg09, subgromacs, …
•  Définition de la configuration du calcul (mémoire, processeurs et temps alloués)
1) Mémoire maximale : 3-4 GB/processeur
2) Calculs sur 1 à 16 processeurs
3) Différentes files d’attente :
step : 1 proc. max. et 1h max.
walk : 16 proc. max. et 12h max.
journey : 16 proc. max. et 48h max.
Exemples : subg09 -­‐t 12 nom_fichier subampac -­‐t 12 -­‐n 2 nom_fichier subgromacs (-­‐h) odyssey : 8 proc. max et 5 jours max.
intersideral : 8 proc. max. et 15 jours max.
http://fr-chimie.univ-amu.fr/crcmm/slater.html
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Le serveur de calcul dans la pratique
Lancer un calcul
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Soumettre un calcul au serveur
•  Configuration du calcul en fonction de la taille du système moléculaire, du type de calcul, du temps d’attente
•  Aide au choix de la configuration du calcul
http://slater.up.univ-mrs.fr/cgi-bin/monika.cgi
•  Commandes :
qtop
qstat –u nom_compte
qdel numéro_calcul
•  Fichier d’informations sur le déroulement du calcul (.o12345)
http://www.fr-chimie.univ-cezanne.fr/crcmm/slater.html
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Aide aux utilisateurs
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Aide aux utilisateurs
•  Site du CRCMM : http://fr-chimie.univ-amu.fr/crcmm/
http://fr-chimie.univ-amu.fr/crcmm/animation.html
•  Aide directe des logiciels Agui et Ampac : bouton Help dans Agui
•  Sites web des logiciels :
Exemple pour Gaussian 09 :
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/l_keywords09.htm
Pensez à quitter les applications et à vous déconnecter
correctement !
Bons calculs !
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