Bigdata in Health Hopes and Chalenges

Bigdata in health
Hopes and challenges
christian.lovis@unige.ch
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data variety
truth
mathematical reality
correlation
privacy
Réalisée à Mayence entre 1452 et 1455 sous la responsabilité de
Johannes Gutenberg et de ses associés, Johann Fust et Pierre
Schoeffer, la Bible de Gutenberg se compose de deux volumes au
format in-folio (ce qui signifie que chaque feuille achetée au papetier
n'était pliée qu'une fois, ce qui permet d'imprimer des pages de
grandes dimensions) de 324 et 319 feuillets. Elle reproduit le texte de
la Vulgate, c'est-à-dire la Bible latine traduite par saint Jérôme :
l'Ancien Testament occupe le premier volume, qui contient aussi
l'ensemble du Nouveau Testament.
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1394–1405Gutenberg wird in diesem Zeitraum (vielleicht auch erst
1408) als Mainzer Bürger geboren.
1420–1428 Hält sich auf jeden Fall 1420 und 1427/28 in Mainz auf
1430 Ist aus Mainz „ausgefahren“.
1434–1444 Lebt in (der Nähe von) Straßburg und leitet
verschiedene Geschäftsgemeinschaften, die auch mit dem
„Drucken“ zu tun haben.
1448–1457 Lebt in Mainz, hat eine Geschäftsgemeinschaft
gegründet und druckt die Bibel.
1455 Im Notariat des Ulrich Helmasperger wird beglaubigt, dass
Fust Gutenberg eine Summe von 1550 Gulden vorgestreckt habe,
die er selber habe leihen und zu sechs Prozent verzinsen müssen.
Das Darlehen war also von Gutenberg mit Zinsen (insgesamt 2020
Gulden) an Fust zurückzuzahlen. Da Gutenberg der Aufforderung
nicht nachkommen konnte, musste er die Druckerwerkstatt mit den
fast fertigen Bibeln, die er als Sicherheit eingesetzt hatte, an Fust
übergeben, der die Arbeit Gutenbergs zu Ende brachte.
1465 Adolf II. von Nassau, Erzbischof von Mainz, ernennt
Gutenberg mit Urkunde vom 17. Januar 1465 in der Kurfürstlichen
Burg zu Eltville zum Hofedelmann und lässt ihm ein Hofkleid, 2180
Liter Korn und 2000 Liter Wein übersenden.
1468 Gutenberg wird nach seinem Tod in Mainz beigesetzt.
1996 MEDLINE free and public, PubMed
by
Vice President Al Gore
Open access information
http://dan.corlan.net/medline-trend
Effect on PPV of prevalence on a test with
sensitivity of 99 % and specificity of 95 %
Prevalence
1%
10%
20%
1,000
1,000
1,000
10
100
200
990
900
800
a
# persons in population
b
With condition
c
Without condition
d
True positive (b x 0.99)
10
99
198
e
False positive (c x (1-0.95))
50
45
40
f
Total positive (d + e)
60
144
238
17%
69%
83%
PPV (d / f)
Chan Shah: Public health and preventive medicine in Canada.
Elsevier, Canada, 2003
Health is a
probabilistic
information science
with disruptive
changes
http://tm.durusau.net/wp-content/uploads/2015/09/big-data-never-sleeps.jpeg
if legal protests don't work, civil disobedience and active
demonstration should be used.
no obligation to the state if it becomes "tyrannical" toward
Christianity.
Francis A. Schaeffer, a leading fundamentalist intellectual, book
A Christian Manifesto
“Such accelerations
would shrink
the alleged 4.5 billion
year radioisotope
age of the earth down
to the 6,000 years
that a straightforward
reading of the
Bible gives”
In the early 1980s, a fifth component was
added to these four "classic" bases, called
methyl-cytosine (mC), which is derived from
cytosine. Then, in the late 1990s, mC was
recognized as the main cause of epigenetic
mechanisms. Meaning, it can switch genes on
or off depending on the physiological needs of
each tissue.
In recent years, researchers have studied this
fifth DNA base in more detail because it
seems alterations in the mC base contribute
to the development of many human diseases,
including cancer.
Now, according to new findings published in
the journal Cell, a sixth possible DNA base
may also exist. Called methyl-adenine (mA),
this potential DNA base may also help
determine the epigenome and would
therefore be key in the life of the cells.
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natural language
hypothesis generation
learning systems
predictive systems
http://www.tylervigen.com/spurious-correlations
https://www.youtube.com/watch?v=CxAxRCv9WoA
Messerli FH.
Chocolate consumption,
cognitive function, and
Nobel laureates.
N Engl J Med. 2012
Oct 18 367(16):1562-4.
PubMed PMID: 23050509
«Erkenne dich Selbst!»
Γνῶθι σεαυτόν
Sokrates
levels of glucose, protein, leukocytes, nitrites,
blood, bilirubin, urobilinogen, microalbumin,
creatinine, ketone, specific gravity, and pH in
urine
baoummm
Regional cluster
Data driven science
Encompass all data, a new paradigm of approaching evidence
Structured
Unstructured
“”
Big Data = all data
Quality cannot be improved, deal with what you have
Data is flowing without stop, needs realtime analytics
Streaming
Personalized medicine
global science and individual data
Value for me
Building actionable data pipelines
Science needed to activate phenotype data
Interoperability Privacy
semantics
Streamed
Data
Distributed
incremental
Analytics
Tolar Grande
La Puna, Atacama desert
04.02.2016, 02h20
4DS, ISO 16k, F2,8, 15mm, 20’’